La costruzione fu iniziata nel 1538, 
su richiesta ed a spese del popolo e con il consenso dell'arcivescovo sipontino, cardinal Giovanni Maria di Monte S. Sabino, poi papa Giulio III. Il terreno, comprendente una casetta di campagna ed un pozzo, fu donato da un certo Orazio Antonio Landi. Nel 1540 i frati ne presero possesso, testimoniando Dio con santità di vita e ricevendo in compenso divina assistenza.
Il 1° febbraio 1575 vi alloggiò Camillo De Lellis, il quale, dopo una lunga conversazione con Padre Angelo, superiore del convento,decise di cambiar vita.
1811: il convento viene chiuso una prima volta.
1818: viene riaperto.
1867: all'inizio dell'anno: il convento viene chiuso nuovamente.
1867: il 20 ottobre: convento, chiesa, terreno, mobili ed arredi passano al comune di San Giovanni Rotondo per gli usi contemplati dall'art. 20 della legge eversiva del 7 luglio 1866. Fino al 1908 il convento viene adibito a mendicicomio.
1904: il provinciale padre Pio da Benevento fa diversi tentativi presso l'amministrazione comunale per riavere il convento.
1909: il provinciale padre Benedetto da S. Marco in Lamis riottiene il convento e all'inizio di settembre i frati ne riprendono il possesso.
1916: il 28 luglio: arriva Padre Pio da Pietrelcina. D'ora in poi la storia del convento sarà legata a quella di Padre Pio.
